Viremia, parazitemia veya bakteriemi’ye neden olan patojenler, enfeksiyonun bu aşamasında EDTA kan örneklerinde doğrudan tespit edilebilir. Analiz için en az 0.2 ml gereklidir. Sürüntüler, ortam olmadan gönderilmelidir (istisna: CEM profilleri için sürüntülerin Amies taşıma ortamında kullanılması gereklidir, bu, AB’nin ihracat/taşıma için resmi gereksinimlerini karşılamak içindir). Dışkıda patojen tespiti için fındık büyüklüğünde bir örnek gereklidir. Bazı patojenler (örneğin, koronavirüsler, Tritrichomonas foetus) aralıklı olarak salındığı için, dışkıların 3 gün boyunca toplanması önerilir.

PCR analizleri için ek örnek materyalleri, örneğin doku, idrar ve aspiratlar steril, kaplamasız örnek tüplerine gönderilmelidir. Formalin gibi fiksatifler uygun değildir. Örneklerin genellikle soğutulmuş olarak gönderilmesine gerek yoktur, ancak materyal 2-8 °C’de buzdolabında saklanabilir ve taşımaya kadar bekletilebilir. Tekrarlanan dondurma/çözme döngülerinden kaçınılması önemlidir.